《“地根政治”:揭示农地制度新变革的真问题》,《北京日报》2013年8月19日。
吴帆、吴毅:《整风与人民公社化运动——以湖北大冶县矿山公社为例》,《开放时代》(B类期刊)2013年2期。
吴毅、陈颀:《说话”的可能性——对土改“诉苦”的再反思》,《社会学研究》(A类权威)2012年6期。
吴帆、吴毅、杨蓓:《意识形态与发展进路:农业合作化运动再反思》,《天津社会科学》(B类期刊)2012年1期。
杨蓓,吴毅:《人民公社:现代乌托邦的追求与受挫》,《AG真人国际学报》(社会科学版)2011年5期。
吴毅、吴帆:《结构化选择:中国农业合作化运动的再思考》、《开放时代》(B类期刊)2011年4期。
吴毅、吴帆:《传统的翻转与再翻转——新区土改中农民土地心态的建构与历史逻辑》,《开放时代》(B类期刊)2010年3期。
吴帆、吴毅:《历史社会学的发展与特征》,《AG真人国际学报》(社会科学版)2009年4期。
《理想抑或常态:农地配置探索的世纪之摆——理解20世纪中国农地制度变迁史的一个视角》,《社会学研究》(A类权威)2009年第3期。
吴毅等:Twenty Years of Rural Political Studies: The Rise and Fall of a Public Academic Movement,Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.(SSCI)。
吴毅等:The Path and Subject of Rural Governance Studies: A Response to Ying Xing's Critique,Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.(SSCI)。
《权威民主化:民主政治建设的重要经验》,《中国改革报》2008年11月17日。
《治道的变革——也谈中国乡村社会的政权建设》,《探索与争鸣》2008年第9期。
《从革命走向革命》,《中国图书评论》,2008年第5期。
《“权力–利益的结构之网”与农民群体性利益的表达困境——对一起石场纠纷案例的分析》,《社会学研究》(A类权威)2007年第5期。
《迎检的游戏——乡镇调查手记》,《读书》2007年第6期。
《何以个案 为何叙述——对经典农村研究方法质疑的质问》,《探索与争鸣》2007年第4期。
吴毅、李德瑞:《二十年农村政治研究的演进与转向——兼论一段公共学术运动的兴起与终结》,《开放时代》(B类期刊)2007年第2期。被《中国社会科学文摘》2007年第3期转载。
《局促的改革空间——一个学者眼中的乡镇机构改革》,《南风窗》2005年5月(上半月刊),该文为《南风窗》对吴毅的专访。
吴毅等:《村治研究的路径与主体——兼答应星先生的批评》,《开放时代》(B类权威)2005年4期。
《最后的征收》,《读书》2005年5期。
《农村政治研究:缘自何方,前路何在》,《开放时代》(B类权威)2005年2期。
《“诱民致富”与“政府致负”》,《读书》2005年1期。
《对农地征用中政府与农民争利现象的两点思考》,《上海行政干部管理学院学报》,2004年第4期。
《催收与拖欠》,《天涯》2004年5期。
《乡村的权力承包》,《天涯》2004年5期。
《法的正义抑或情的入理》,《天涯》2004年5期。
《不同语境下的乡村关系》,《探索与争鸣》,2004年9期。
《农地征用中基层政府的角色》,《读书》2004年7期。
《农民“种房”与弱者的反“制”》,《书城》,2004年5期。
《税费改革中乡村利益张力下的村级财务困境》,《华中师范大学学报》2004年4期。
杨震林、吴毅:《转型期中国农村公共品供给体制创新》,《中州学刊》2004年1期。
吴毅、杨震林:《道中“道”:一个村庄公共品供给案例的启示》,《江西社会科学》2004年1期。
《宗族权威的变异与经纪模式的消解》,《文史哲》2003年4期。
《从革命到后革命:一个村庄政治运动的历史轨迹》,《学习与探索》2003年2期。
《记述村庄的政治》,《读书》2003年3期。
《双重边缘化:村干部角色与行为的类型学分析》,《管理世界》(A类权威)2002年11期。
《村治变迁中的权威与秩序——20世纪川东双村的表达》,2002年华中师范大学博士学位论文,2003年湖北省优秀博士学位论文,2004年全国优秀博士学位论文。
《缺失治理资源的乡村权威与税费征收中的干群博弈》,《中国农村观察》2002年4期。
《公共空间》,《浙江学刊》,2002年2期。
吴毅、杨震林、王亚柯:《村民自治中“村委会自治”现象的制度经济学分析》,《学海》2002年1期。
徐勇、吴毅、贺雪峰等:《村治研究的共识与策略》,《浙江学刊》2002年1期。
《无政治村庄》,《浙江学刊》2002年1期。
《“双重角色”、“经纪模式”与“守夜人”和“撞钟者”》,《开放时代》(B类权威)2001年12期。
贺雪峰、吴毅、仝志辉:《村庄选举研究:眺望转型期乡村社会性质的窗口》,《江海学刊》2001年1期。
吴毅、贺雪峰:《村治研究论纲——对村治作为一种研究范式的尝试性揭示》,《华中师范大学学报》2000年3期。
《新规则是如何演绎的》,《中国社会科学季刊》(香港)1999年冬季卷(国际性的当代中国社会科学研究与评论中文期刊)。
吴淼、吴毅:《村民自治:理论资源和运作绩教》,《社会主义研究》1999年4期。
《制度与国家:来自新制度经济学的政治透视》,《天津社会科学》(B类权威)1999年3期。
《制度引入与精英主导:民主选举规则在村落场域的演绎》,《华中师范大学学报》1999年2期。
《村民自治的成长:国家进入与社区内生》,《政治学研究》(A类权威)1998年3期。
《村治中的政治人——对一个村庄村民公共参与和公共意识的分析》,《战略与管理》1998年1期。
《人民公社时期农村政治稳定形态及其效应》,《天津社会科学》(B类权威)1997年5期,《新华文摘》1997年12期全文转载。
《农村衰败与晚清现代化的受挫》,《天津社会科学》(B类权威)1996年3期。被《新华文摘》1996年5期部分转载。
《跨世纪的课题:中国农村改革、发展与稳定》,《社会主义研究》1996年1期。
《跨世纪的课题:中国农村的协调发展》,《社会科学报》1995年12月14日。
《社会政治取向与政治稳定关系的结构分析》,《政治与法律》1995年4期。
徐勇、吴毅:《地区发展非均衡性的政治影响分析》,《学习与探索》1994年3期。
《社会主义初级阶段经济政治环境对政治参与的影响与制约》,《重庆社会科学》1993年3期。
《试论我国政治参与的现状与制约因素》,《社会主义研究》1992年4期。
《科学社会主义理论与实践课教学探索》,《学位与研究生教育》1991年5期。
《发展我国城市的正确方针》,《城市开发》1991年5期。
《论城市发展的历史机会》,《城市科学》1991年3期。
《从日本的国策看其对华北的渗透》,《重庆史学》1989年2期。
出版专著:
《小镇喧嚣——一个乡镇政治运作的演绎与阐释》,生活·读书·新知三联书店、生活书店出版有限公司2018年版.
吴毅、吴克伟等:《转型中的治理——当代中国乡村社会变迁实证研究》,湖北人民出版社2009年版。
彭大鹏、吴毅:《单向度的农村——对转型期乡村社会性质的一项探索》,湖北人民出版社2008年版。
《小镇喧嚣——一个乡镇政治运作的演绎与阐释》,生活·读书·新知三联书店2007年版。
《记述村庄的政治》,湖北人民出版社2007年版。
《转型社会的乡村政治》,中国农业出版社2006年版。
吴毅、吴淼:《村民自治在乡土社会的遭遇——以白村为个案》,华中师范大学出版社2003年版。
徐勇、吴毅主编:《乡土中国的民主选举》,华中师范大学出版社2001年版。
参著:《中国农村村级治理》,华中师范大学出版社1999年版。
《村治变迁中的权威与秩序——20世纪川东双村的表达》,中国社会科学出版社2002年版,2006年第2次印刷。
张厚安、徐勇、项继权、吴毅、张劲松等:《中国农村政治稳定与发展》,武汉出版社1995年版。
参编《中华人民共和国知识辞典》,西南师范大学出版社1999年版。
“推进省级治理体系和治理能力现代化研究”,2014年度湖北省委托课题子项目。
“社会变迁与当代中国农地制度改革研究”,2014年AG真人国际自主创新基金专项任务项目。
“社会变迁视角下当代中国农地制度发展与改革研究”,2011年度国家社会科学基金重点项目。
“当代中国农地制度的演变与发展研究”,2011年度AG真人国际自主创新研究基金(人文社科)项目。
“20世纪以来中国农地制度变迁与发展的历史社会学分析”,2009年度AG真人国际自主创新研究基金资助项目。
“社会变迁视角下当代农村土地制度研究”,2009年度教育部人文社会科学研究一般项目。
“湖北税费改革后农村基层政府角色研究”,2008年度湖北省社会科学基金项目。
“政治人类学与农村研究”课程实践研究,AG真人国际研究生教改项目。
“转型期农村弱势群体生存状态的区域比较与治理对策研究”,福特基金项目子项目。
“转型期农村社会的发展、特性与治理研究”,2004年全国优秀博士论文作者专项资助基金项目。
“转型期农村社会的变化、特性及走向研究”,2002-2003年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目。
“乡村治理研究”,2000年度国际合作项目。
“农村税费改革及县、乡、村管理体制改革研究”,2001年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目子项目。
“现阶段我国农村村委会选举的基本情况、问题及对策研究”,2000年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目子项目。
“现阶段我国乡镇政治体制改革研究”,2002度年国家哲学社会科学基金项目。